Многие фармацевтические компании уверяют в полезности применения пробиотиков не только при нарушении микрофлоры кишечника, но и просто для профилактики. Однако существует крайне мало доказательств какого-либо стойкого эффекта пробиотиков на микрофлору кишечника практически здоровых людей. Введение потенциально полезных микроорганизмов с пищей при заболеваниях и нарушениях обмена веществ полезно, но у здоровых людей, как правило уже имеется достаточно разнообразная микрофлора кишечника, которая препятствует заселению его новыми микробами из препарата. Впрочем, ученые уверены, что этот вопрос требует дальнейшего тщательного исследования.