В неблагоприятных условиях крупные палочковидные бактерии сибирской язвы образуют споры, которые могут с воздухом попадать в организм. При вдохе споры проникают в трахею, которая делится на два бронха. Благодаря небольшим размерам споры могут попадать в мелкие бронхиолы, а затем достигать крошечных альвеолярных мешочков.

В просвете альвеол иммунные клетки — макрофаги — захватывают споры и разрушают их с помощью ферментов. Хотя некоторые споры разрушаются, остальные при иммунной атаке выживают. Выжившие споры попадают в лимфатическую систему и накапливаются в грудных лимфатических узлах.

Через некоторое время споры превращаются в полноценные бактерии сибирской язвы, которые начинают размножаться в лимфатических узлах. Количество бактерий возрастает, и они вырабатывают вредные токсины, которые вызывают отек и кровоизлияния в лимфоузлы. Эти токсины также попадают в кровоток, и тогда быстро развиваются тяжелые симптомы сибирской язвы.

Через несколько дней после заражения появляются признаки, похожие на простуду, в том числе лихорадка, кашель, боли и общее недомогание. Хотя у некоторых людей возникает период мнимого благополучия, после него быстро развиваются тяжелые проявления болезни. В местах проникновения бактерий в легкие возникают изъязвления, и в грудной полости начинает накапливаться жидкость. Развивается кровотечение, отек и затрудняется дыхание.

Токсины также достигают головного и спинного мозга и вызывают кровоизлияния в тонкую оболочку, покрывающую их. Возникают серьезные расстройства дыхания, кровотечение, шок и зачастую смерть. Однако этих страшных последствий можно избежать, если заранее сделать прививку от сибирской язвы или начать принимать антибиотики, например пенициллин или ципрофлоксацин, сразу же после инфицирования.